В дуоденоеюнальном содержимом активность эн-терокиназы повышена или снижена (при тяжелом течении заболевания). При пристеночном пищеварении возможно уменьшение активности амилазы и липазы (преимущественно при тяжелом и средней тяжести течении заболевания). При посеве содержимого дуоденоеюнального отдела кишечника высевают большое количество нетипичных для него микроорганизмов (в норме содержимое тонкой кишки стерильно или содержит незначительное число микроорганизмов). Чрезмерному размножению бактерий в тонкой кишке (более 105-108 микроорганизмов на 1 мл содержимого) способствуют повышение внутрижелудочного рН, нарушение иннервации и моторики верхних отделов желудочно-кишечного тракта с возникновением застоя кишечного содержимого [King С. Е., Toskes P. Р., 1979].
Нарушается желчевыделительная функция печени, страдают внешнесекреторная функция поджелудочной железы, функциональная активность гипофиза, надпочечников, половых желез.