Дуоденофиброскопия позволяет производить прицельную биопсию с последующим гистологическим и гистохимическим исследованием биоптатов. Это дает возможность не только точно установить хронический воспалительный процесс в слизистой оболочке двенадцатиперстной кишки, но и определить его характер, глубину распространения. Л. И. Аруин, В. С. Городинская (1976) выделяют умеренно выраженный хронический дуоденит, резко выраженный хронический дуоденит и хронический атрофический дуоденит. При умеренно выраженном дуодените микрорельеф поверхности не меняется. Несколько увеличивается количество бокаловидных клеток, отмечается интенсивная секреция ими нейтральных гликозаминог-ликанов; усиливается инфильтрация собственной оболочки, появляются эозинофилы. Резко выраженный дуоденит характеризуется некоторым укорочением ворсинок, значительным увеличением числа бокаловидных энтероцитов с распространением их на верхушки ворсинок, снижается содержание кислых гликозаминогликанов в их секрете. Выражена инфильтрация собственного слоя с примесью лейкоцитов. При хроническом атрофическом дуодените отмечаются резкое укорочение ворсинок, сглаженность их контуров, уменьшение количества бокаловидных клеток. Секреция кислых и нейтральных гликозаминогликанов при этом снижается.
Следует отметить, что полный параллелизм между видимыми при дуоденофиброскопии и гистологически определяемыми изменениями дуоденальной слизистой оболочки наблюдается не всегда. По данным В. С. Городинской и Г. Н. Соколовой (1976), дуоденит, выявляемый эндоскопически, в 30% случаев не находил морфологического подтверждения. В наблюдениях Л. К. Соколова и соавт. (1987) эндоскопическая и морфологическая (по данным прицельной биопсии) характеристики совпадают в 80% случаев, за исключением эндоскопического диагноза поверхностного дуоденита, при котором в 46% случаев при гистологическом исследовании биоптата обнаруживались более выраженные изменения слизистой оболочки двенадцатиперстной кишки. Подобные расхождения эндоскопических и морфологических данных при хронических дуоденитах в значительной мере могут быть обусловлены пока еще недостаточно четко определенными критериями воспалительного процесса в слизистой оболочке двенадцатиперстной кишки.